La chiesa era inizialmente un palazzo nobiliare dei Sanseverino, confiscato poi dai Gesuiti, al fine di costruire la ricca, sfarzosa chiesa barocca del Gesù Nuovo.
I Gesuiti distrussero giardini, le sale, gli arredi; le uniche parti che salvarono furono la facciata a bugne di piperno ed il portale marmoreo rinascimentale.
L'interno barocco, a croce greca con braccio longitudinale lievemente allungato, presenta una ricca decorazione marmorea realizzata dal Fanzago.
Sulla controfacciata sono presenti affreschi di Francesco Solimena sulla Cacciata di Eliodoro dal tempio del 1725 e da artisti  della sua scuola (nelle navate laterali). Le volte a botte furono dipinte da Belisario Corenzio tra il 1636 e il 1638, alcune di esse poi ridipinte da Paolo De Matteis circa cinquanta anni dopo.
Diversi i lavori di Cosimo Fanzago, come il Cappellone di San Francesco Saverio, la rampa di collegamento tra l'edificio di clausura e l'atrio e il Cappellone di Sant'Ignazio di Loyola.
Entrambe le chiese, rappresentano il barocco napoletano, quella del Gesù Nuovo con la sua Madonna di lapislazzuli, quella del Gesù Vecchio, nella quale ovunque giri lo sguardo, ti abbaglia l’abbondanza d’oro.